厚生労働省は地域連携パスを巡る評価として、最初に2006年診療報酬改定で、熊本市地域でいくつかの医療機関が採用していた地域連携パスをモデルに、「地域連携診療計画管理料」（900点）と「地域連携診療計画退院時指導料」（600点）を新設。